Mitten in die Saison 1989/90 fällt die friedliche Revolution. Zunächst bestimmen mehr die Ereignisse um die Leipziger Montagsdemonstrationen und die Ausreisewelle die Öffentlichkeit. Im November 1989 fällt die Mauer. Die DDR-Bürger nutzen die neue Reisefreiheit, Fußball wird zur Nebensächlichkeit.

Mit dem Ende der DDR entfallen auch die s.g. Trägerbetriebe, die die DDR-Vereine finanzieren. Die beiden Chemie-Trägerbetriebe VEB Lacke & Farben und VEB ELGUWA können Chemie nicht mehr unterstützen. Der Verein muss sich nun für neue Geldgeber öffnen und benennt sich im Mai 1990 in FC Grün-Weiß 1990 Leipzig um. Inzwischen überschlagen sich bei der Neuorganisation des deutschen Fußballs die Ereignisse. Ist zunächst von einer langsamen Annäherung der beiden deutschen Fußballverbände die Rede, soll nun schon auf Drängen der ehemals privilegierten DDR-Fußballklubs die nächste Saison 1990/91 die Qualifikation für die erste und zweite Bundesliga bringen. Nur die ersten beiden der Oberliga-Saison 90/91 sollen sich direkt für die erste Bundesliga qualifizieren, der dritte bis sechste direkt für die zweite Bundesliga. Die Oberliga-Siebenten bis –Zwölften und die beiden Liga-Staffelsieger ermitteln die beiden letzten Zweitbundesliga-Plätze. Für den FC Grün-Weiß war es als DDR-Zweitligist damit fast unmöglich, sich für einen Platz in einer der beiden höchsten Ligen zu qualifizieren.

Der alte Bezirksrivale und Oberliga-Aufsteiger Chemie Böhlen, der 1990 in der DDR-Liga Süd Chemie Leipzig auf den zweiten Platz verwiesen hatte, steht vor den gleichen Problemen. Der Geldgeber, das Chemie-Kombinat Otto Grotewohl in Böhlen, zieht sich zurück. So beschließen die Vorstände der beiden grün-weißen Vereine, sich zusammenzuschließen. Am 01.08.1990 fusionieren beide Vereine zum FC Sachsen Leipzig, der den Oberliga-Startplatz übernimmt. Trainer wird Jimmy Hartwig, ein ehemaliger Spieler des Hamburger SV. Die Saison 1990/91 wird überschattet von mehreren Skandalen. Sportlich spielt der FC Sachsen zunächst oben mit, liegt im Herbst sogar auf einem Bundesliga-Platz. Im Spiel gegen den FC Carl Zeiss Jena kommt es dann zum Spielabbruch, als Zuschauer das Spielfeld stürmen. Der Schiedsrichter verwehrt nach mehreren umstrittenen Entscheidungen den Leutzschern in der Schlussphase den Ausgleichstreffer. Vor dem Spiel gegen den Berliner FC Dynamo randalieren zahlreiche Berliner Hooligans zunächst in der Leipziger Innenstadt. Vor dem Leutzscher Stadion greifen BFC-Anhänger Polizisten an. In Notwehr wird ein Berliner von der Polizei erschossen. Nach einem Spiel in Cottbus beleidigt Trainer Hartwig im Fernsehen die Gastgeber und wurde daraufhin entlassen. Zu diesen Ereignissen kommen wirtschaftliche Probleme. Während Ortsnachbar 1.FC Lok mit dem Verkauf von Heiko Scholz (kam 1987 zum Nulltarif von Chemie) für eine Mio. DM an Dynamo Dresden seine Saison finanziert, hatte es der FC Sachsen schwer, Sponsoren zu finden. Sportlich fällt der FC Sachsen ab, schafft aber wenigstens noch die Qualifikationsrunde zur zweiten Bundesliga. Dort scheitert der FC Sachsen ausgerechnet am 1.FC Lok. Die Saison 1990/91 endet in einem Desaster. Der FC Sachsen ist sportlich gescheitert und wirtschaftlich verschuldet.

Ab 1991 spielt der FC Sachsen drittklassig in der NOFV-Oberliga Süd. In der ersten Saison 1991/92 wird Sachsen Fünfter, ein Jahr später sogar Staffelsieger und Sachsenpokalsieger. Allerdings ist die wirtschaftliche Situation so schlecht, dass dem FCS vom DFB die Lizenz verweigert wird. Stattdessen tritt Sachsen in der Deutschen Amateurmeisterschaft an und trifft dort u.a. auf FSV Frankfurt und SpVgg. Fürth. 1993/94 qualifiziert sich der FC Sachsen für die neue Regionalliga und verteidigt gleichzeitig den Sachsenpokal. Als Pokalsieger des Vorjahrs ist man für den DFB-Pokal qualifiziert, scheitert dort jedoch in der ersten Hauptrunde am FC St.Pauli im Strafstoßschießen. In der ersten Regionalliga-Saison trifft Sachsen auf viele alte Bekannte aus DDR-Oberligazeiten. Das Interesse der Zuschauer ist wieder da. Im DFB-Pokal scheidet Sachsen in Leutzsch zwar gegen den TSV 1860 München aus, wieder im Elfmeterschießen, aber in der Meisterschaft spielt Sachsen bis zum Schluss um den Aufstieg zur 2. Bundesliga mit. Am letzten Spieltag muss der FC Sachsen beim Tabellenführer Carl Zeiss Jena antreten. Nur ein Sieg reicht zum Aufstieg. Doch die Mannschaft versagt in diesem Spiel und unterliegt mit 1:4. Dafür holen die Grün-Weißen zum dritten Mal hintereinander den Landespokal. Im DFB-Pokal 1995/96 wird mit einem Sieg über den VfL Bochum erstmals die 2.Hauptrunde erreicht. Dort unterliegt Sachsen dann aber dem Karlsruher SC.

Der verpasste Aufstieg ist ein großer Rückschlag. In den nächsten Jahren werden zwar noch Plätze in der oberen Tabellenhälfte erreicht, aber die Finanzprobleme werden immer größer. Der Versuch, mit aller Gewalt aufsteigen zu wollen, führt zu zahlreichen Trainerwechseln und zum Eingehen finanzieller Risiken. 1998/99 wird nur durch die Zusammenarbeit des FC Sachsen mit Dr. Kölmel und seinem Unternehmen Kinowelt die Insolvenz vermieden. Der FCS befindet sich lange in Abstiegsgefahr, auch die prestigeträchtigen ersten Ortsderbys seit 1991 können nicht gewonnen werden. Das erste Spiel in Leutzsch endet 3:3, im Rückspiel gibt es eine 0:5-Pleite. Für das Jahr 2000 steht wieder eine Spielklassenreform an. Deshalb wird die Mannschaft für die Saison 1999/2000 verstärkt, gilt es doch, sich für die neue zweigleisige Regionalliga zu qualifizieren. In dieser Saison gelingt den Leutzschern der erste Ortsderbysieg gegen den Probstheidaer Rivalen seit 1976. Auch das Saisonziel Platz 6 wird am letzten Spieltag erreicht. Damit qualifiziert sich der FC Sachsen erstmals für eine Liga, die über das Territorium der ehemaligen DDR hinausreicht. Außerdem spielt Sachsen durch den Abstieg des VfB Leipzig erstmals seit 1970 eine Klasse über dem VfB bzw. 1.FC Lok.

In der Staffel Nord der Regionalliga trifft Sachsen auf deutsche Traditionsvereine aus den alten Bundesländern wie Fortuna Düsseldorf, Rot-Weiß Essen, Preußen Münster oder Eintracht Braunschweig. Allerdings kämpft Sachsen die ganze Saison über gegen den Abstieg. Erst am letzten Spieltag wird sportlich das rettende Ufer erreicht. Allerdings hatten sich auch die finanziellen Probleme des Vereins verschärft. Da auch die Kölmel-Firmen Sportwelt und Kinowelt aus eigenen finanziellen Problemen die vom DFB geforderten Bürgschaften nicht stellen kann, wird dem FC Sachsen zum zweiten Mal in seiner Vereingeschichte die Lizenz verweigert. Der Vorstand tritt zurück und es wird ein Insolvenzantrag gestellt.

Mit neuem Trainer und einer neu zusammengestellten Mannschaft wird in der nun viertklassigen Oberliga gespielt. In der ersten Saison gelingt den Leutzschern ein beachtlicher 5.Platz. Und bereits eine Saison später spielt Sachsen wieder um den Aufstieg. Und tatsächlich gelingt die Rückkehr in die Regionalliga. Diesmal haben die Leutzscher gegenüber Carl Zeiss Jena die Nase in der Oberliga vorn. Auch die beiden Ortsderbys werden mit 1:0 und 3:0 gegen den VfB gewonnen. Durch die Liquidation in Folge der Insolvenz des VfB Leipzig sind jetzt scheinbar die Weichen für die Stellung des FC Sachsen als unumstrittene Nummer 1 im Leipziger Fußball gestellt.

In den beiden Aufstiegsspielen setzt sich der FCS gegen den Meister der Nordstaffel durch, den FC Schönberg. Für die folgende Regionalliga-Saison ist Sachsen wiederum zu schwach. Die angespannte finanzielle Lage lässt keine Verstärkungen zu. In der Winterpause zieht der FC Sachsen in das für die Weltmeisterschaft 2006 völlig neu umgebaute Zentralstadion. Zudem werden noch einige Spieler nach Leipzig geholt. Leider reicht es am Ende wieder nicht für den Klassenerhalt. Erneut ist Sachsen sportlich gescheitert, wieder sind die Kassen leer. Trotzdem wird für die Saison 2004/05 der sofortige Wiederaufstieg angepeilt. Doch in der ersten Saison nach dem Abstieg reicht es nur zu Platz drei. Wenigstens der Sachsen-Pokal wird gewonnen. Auch in der Folgesaison reicht es nur zu Platz drei.

Inzwischen beschließt der DFB die Einführung einer eingleisigen Dritten Liga. Um sich für diese Liga zu qualifizieren, muss der FC Sachsen 2006/07 unbedingt aufsteigen. Also gewährt M.Kölmel dem Verein wieder seine finanzielle Unterstützung. Mit Eduard Geyer wird ein prominenter Trainer zurückgeholt, er soll in Leipzig sein Cottbusser Erfolgsmodell wiederholen. Doch der Versuch mit teuren Stars geht gründlich schief. Der FC Sachsen kommt nur auf Platz 4 und steht wieder einmal vor der Insolvenz. Die Saison 2007/08 beginnt genauso schlecht, wie die vorige endete. Erst nach der Entlassung des Leutzscher Urgesteins und Cheftrainers Leitzke gelingt die Wende. Mit einem fulminanten Schlussspurt wird noch der 4.Platz erreicht. Dieser berechtigt zu Relegationsspielen mit dem Nord-Vierten Greifswalder SV. Hier bezwingt Sachsen den GSV mit 4:2 und 2:2 und qualifiziert sich im letzten Augenblick für die Regionalliga. Diese ist aber durch die neue Dritte Liga inzwischen auch nur noch viertklassig. Schwerwiegende Fehleinschätzungen der Stärke der eigenen Mannschaft und finanzielle Probleme überschatten die erste Halbserie. Der FC Sachsen befindet sich von Anfang an im Abstiegskampf und liegt schon zur Halbserie fast aussichtslos zurück. Im Februar 2009 stellt das Finanzamt einen Insolvenzantrag gegen den FC Sachsen, der Vorstand meldet daraufhin selbst Insolvenz an. Der FC Sachsen steht als erster Absteiger fest.

Durch die Eröffnung des Insolvenzverfahrens im Juni 2009 kann der FCS in der Saison 2009/10 wenigstens in der nun fünftklassigen Oberliga starten. Der Insolvenzverwalter sichert die Aufrechterhaltung des Spielbetriebs. Gegen den mittlerweile in Leipzig aktiven RedBull-Verein RB Leipzig ist jedoch in dieser Saison nichts zu holen, selbst wenn die Leutzscher den zu diesem Zeitpunkt schon feststehenden Aufsteiger am letzten Spieltag vor über 10.000 Zuschauern mit 2:1 besiegen. Der FCS beendet die Saison auf einem vor dem Hintergrund der Finanzschwierigkeiten sehr respektablen sechsten Platz. In der Saison 2010/2011 kommt der FC Sachsen trotz chronischer Finanzsorgen gut in die Saison. Die Mannschaft etabliert sich in der Hinrunde im oberen Drittel der Tabelle. Mehr und mehr wendet sich die Aufmerksamkeit jedoch von sportlichen zu finanziellen Aspekten des Vereins. Das Insolvenzverfahren dauert bereits fast zwei Jahre und zehrt an den Kräften der Verantwortlichen. Die Mannschaft kann in der Rückrunde nicht mehr an die Leistungen aus der ersten Halbserie anknüpfen. Dirk Heyne muss nach ausbleibenden Erfolgen seinen Hut nehmen. Zuschauer bleiben aus. Eine offizielle Kooperation mit dem Rivalen RB Leipzig verstimmt einen weiteren Teil der Fans. Die Spiele des FC Sachsen wollen mittlerweile nur noch rund 800 Zuschauer sehen. Am 18.05.2011 wird das endgültige Aus des FC Sachsen vom Insolvenzverwalter Heiko Kratz verkündigt. Ausbleibende Sponsorengelder, fehlende Mitgliedsbeiträge und sinkende Zuschauereinnahmen würden einen weiteren Spielbetrieb unter wirtschaftlichen Gesichtspunkten unmöglich machen. Der Spielbetrieb wird zum 30.06.2011 eingestellt, gleichwohl die erste Mannschaft zumindest sportlich den Verbleib in der Oberliga sichert. Das letzte Heimspiel des FC Sachsen Leipzig gegen Budissa Bautzen sehen gut 2.500 Zuschauer. Chemie erkämpft sich ein 2:0. Die Stimmung auf den Rängen rangiert zwischen Wut, Trauer und Enttäuschung. Nach dem Spiel stürmen die Fans das Spielfeld, wollen das letzte Mal ihren Helden von Leutzsch nah sein. Zum letzten Auswärtsspiel nach Halberstadt reisen 600 Grün-Weiße. Die Botschaft ist klar: “Wir machen weiter!”